Laboratorium kimia SMA N 9 Purworejo memiliki fasilitas yang memadai untuk kegiatan praktikum pada jenjang SMA. Bangunan dengan ukuran 15m x 9m terletak dibagian barat sekolah mampu menampung hingga 36 siswa untuk kegiatan praktikum. Selain digunakan untuk kegiatan praktikum, laboratorium kimia bisa digunakan untuk kegiatan pembelajaran biasa karena fasilitas yang sudah memadai.